江戸三大祭りの一つで３年に一度本祭りが行われる。本祭りは、氏子各町会の神輿、五十数基が深川の氏子各町を一周する約８キロのコースを練り歩く。真夏のに行われるため、沿道の観客が水を掛けて神輿を清めたり、担ぎ手の体を冷やすことから、水掛けまつりとも言われている。
担ぎ手・観客合わせると50万人の人出がでて担ぎ手と観衆が一体となって盛り上がる。

平成９年から、本祭りの翌年には八幡様の氏子町会が協力して二ノ宮の神輿を担ぐ。
毎回、総代会が考えた氏子町内をまわるコースを巡ります。途中トラックで移動をする場面も見られます。
平成１５年においては江戸開府４００年を記念して二ノ宮神輿で皇居の前まで巡航したということもありました。

平成１３年の夏より始まりました本祭りの前年のイベントとしてに次世代の深川祭りを担う子供達による子供神輿の連合渡御が行われます。
大人神輿顔負けの粋でいなせな晴れ姿をみせてくれます。

毎年８月の中旬には八幡様の氏子各町会では、御仮家・神酒所をたて山車や子供神輿、大人神輿をだし、自分の町内を練り歩きます。
祭りを行わない町会もあったり、子供神輿だけの巡航の町会もあったりとまちまちです。